Comme vu précédemment, de nombreux facteurs humains entrainent la disparition des abeilles. Mais une autre menace, peu mise en lumière, existe :
Le brassage génétique

Motivé par des gains de productivité, le brassage génétique engendré par l’importation de plusieurs sous-espèces d’abeilles exotiques est à l’origine de la disparition de la sous-espèce indigène apis mellifera mellifera (ou abeille noire). La préservation de son patrimoine génétique acquis  au cours des millénaires devient pressante, car depuis des décennies, l’hybridation due à des espèces d’abeilles plus «productives», interagit insidieusement au niveau de la transmission héréditaire. L’abeille noire et ses nombreux écotypes (ou races géographiques) est endémique, depuis la nuit des temps, dans de nombreux territoires. Elle a donc subi la sélection naturelle et les contraintes climatiques, cela bien avant l’apparition de l’apiculture. En ce sens, elle a survécu sans assistance à de multiples bouleversements ; elle a ainsi prouvé ses capacités d’adaptation.

Comment donc préserver cette souche génétique ?

La difficulté vient de la fécondation de la reine. Quelques jours après sa naissance, la reine réalise un vol nuptial. Dans un rayon de 10km, une dizaine de mâles vont la féconder jusqu'à ce que sa spermathèque soit remplie de spermatozoïdes. En principe, Une reine ne fera qu'un seul vol nuptial, mais si pour une raison ou une autre son vol ne lui a pas permis d'être fécondée suffisamment, elle pourra refaire un nouveau vol le lendemain et le surlendemain.

La problématique est donc pour le maintien de l’écotype alpin d'avoir un site naturellement protégé de toute ingérence de faux bourdons "exotiques" venus de l’extérieur. Puisque si pendant la fécondation, un mâle issu d'une souche importée venait à féconder notre reine, le brassage génétique aurait lieu.

Par conséquent, lorsque vous n'êtes pas dans un site protégée de l'hybridation et que vous avez acquis une ruche composée d'abeilles noires, vous ne maitrisez pas la prochaine fécondation. La chance pour que votre reine ne se fasse féconder que par des mâles de type "abeilles noires" est quasiment nulle. 

Nous voulons acquérir chaque année un nombre conséquent d'essaims d'abeilles noires. Par l'utilisation de "cadres à jambages", les abeilles produisent beaucoup plus de mâles qu'avec des cadres gauffrés. Par nos ruches "éphémères" d'abeilles noires, nous élevons donc des mâles qui iront propager les gênes de cet éco-type, même si à la prochaine division ou mort de notre reine primaire, notre ruche ne sera plus officiellement de souche "apis mellifera mellifera".